인천국세청과 한국환경공단, 150억원대 세금 놓고 갈등

인천지방국세청과 한국환경공단이 세무조사에 따른 추징세액을 두고 갈등을 빚고 있다.

2일 인천국세청과 환경공단에 따르면 인천국세청은 최근 환경공단을 대상으로 세무조사를 벌여 160억3천600만원의 세금을 부과했다. 이 중 법인세 6억2천300만원을 제외한 부가가치세 154억1천300만원에 대해 한국환경공단은 ‘조세불복’을 추진하고 있다. 조세불복은 국가가 부당하게 조세를 부과할 때 납세자의 권리와 이익을 구제해주는 제도다.

현재 인천국세청과 환경공단의 의견이 크게 엇갈리는 3가지는 폐비닐처리사업 관련 매입금액 중 정부출연금 사용 등에 대한 매입세액 불공제분, 정부대행사업 중 시험·분석·검사·진단을 포함한 업무의 과세분, 지난 2016년 계약 사업과 2010년 계약 사업을 같은 사업으로 적용한 과세 적용분 등이다.

인천국세청은 이들 부가가치세에 대해 부가가치세법 시행령 등을 근거로 적법한 과세가 이뤄졌다는 입장이다.

반면, 환경공단은 폐비닐처리사업 관련 매입세액 불공제분에 대해 매입세액 안분계산 대상 여부 등을 따져봐야 한다는 입장으로 맞서고 있다. 매입세액 불공제는 부가가치세의 납부·환급시 사업자의 매입세액을 매출세액에서 빼지 않는 것을 말한다. 안분계산은 공통 매입세액에서 일정한 비율로 나눠 계산한 금액을 면세사업 관련 매입세액으로 보는 것을 의미한다.

또 환경공단은 정부대행사업 관련 과세분에 대해 민간과 경쟁관계에 있지 않고 다른 공공기관이 면세사업으로 하는 사업 등을 면세 처리하도록 정한 조세특례제한법의 개정 취지를 감안해야 한다고 주장 중이다.

이 밖에도 환경공단은 조세특례제한법에 따라 2016년 계약한 지자체 수탁 사업을 면세처리하지 않고 2010년에 계약한 사업과 같은 사업으로 판단한 인천국세청의 과세 적법성 여부를 판단해야 한다는 주장을 펼치고 있다.

환경공단 관계자는 “내부적으로 조세불복이 필요하다는 판단을 한 상태”라며 “조세불복을 전문가에게 위탁해 추진할 계획”이라고 했다.

김민기자